૧. સેન્દ્રિય ખેતીની શરૂઆતના ૩ થી ૪ વર્ષમાં પાકનું ઉત્પાદન ઘટે છે.
૨. સેન્દ્રિય પેદાશોનાં વેચાણ માટે જરૂરી બજાર વ્યવસ્થાના અભાવે પૂરતા ભાવો મળતા નથી.
૩. રોગ અને જીવાતનાં જૈવિક નિયંત્રણ માટે પૂરતી અસરકારક જેવિક દવાઓ ઉપલબ્ધ નથી.
૪. ખેડૂતો પાસે ખેતીના એકમો નાના હોઈ શરૂઆતમાં પાક ઉત્પાદન ઘટતું હોઈ ખેડૂતો સેન્દ્રિય ખેતી અપનાવતા અચકાય છે.
પ. ગુજરાતમાં ખેતીમાં મોટા પ્રમાણમાં ભાગીયા પદ્ધતિ અમલમાં છે. ભાગીયાઓ સેન્દ્રિય ખેતી અપનાવવા અવરોધ રૂપ બને છે.