રાસાયણિક ખાતરના પોતાના ગેરફાયદા છે. તેના સતત વપરાશથી જમીનમાં અમ્લતા વધે છે, બંધારણ બગડે છે અને જમીન સખત બને છે. જેથી પર્યાવરણને લાંબા ગાળે નુકસાન થાય છે. વળી, નાઈટ્રોજનયુક્ત રાસાયણિક ખાતરના ૩૦-૪૦ ટકા જે તે પાકને કામ લાગે છે. બાકીનું હવામાં ઊડી જાય છે, જમીનમાં ઊંડુ ઉતરી જાય છે, વરસાદથી ધોવાઈ જાય છે અથવા વિઘટીત થઈ જાય છે. આમ મોંધા ખાતરનો બગાડ થાય છે. આ વિષમ પરિસ્થિતીમાં જૈવિક ખાતરો એટલે કે બાયો-ફર્ટીલાઈઝરનું મહત્તવ વિશેષ છે અને તેનો વપરાશ પણ ધીમે ધીમે વધવા માંડ્યો છે. જૈવિક ખાતર એ સજીવ ખાતર હોઈ આડ અસરથી મુક્ત છે. અને જો રાસયણિક ખાતરના પૂરક તરીકે ઉપયોગ કરવામાં આવે તો ખેતી ખર્ચ ઘટાડી જમીનની ફળદ્રુપતા વધારી એક ધાર્યુ સ્થિર ઉત્પાદન મેળવી શકાય છે.
